В общем решил проблему!
Предыстория... На ноутбуке сломалась стрелка влево, я её чуток поковырял, она не заработала и просто переназначил её на левый контрол. Именно после этого и пошли проблемы. Я посчитал, что намудрил в .xmodmap, но нет..., хотя был близок. Что меня еще смутило, когда переходил на windows (на ноуте две системы), не работали жесты на тачпаде. Я переустановил драйвера - не помогло. В итоге, просто чистло наугад попробовал отключить клаву на ноуте (выдернуть шлейф) - ubuntu загрузилась без проблем, жесты на windows работают.
Что я сделал - просто вырезал ножницами контакты на клаве для левой стрелки - все работает, ничего не замыкается.