У меня нет скайпа. И я не силен в Windows. Это Вам нужно включить свою Windows, а потом спросить на каком-нибудь Windowsком формуме, как ее правильно выключить. Подозреваю, что в винде есть что-то вроде меню с пунктами: перезагрузка, сон, гибернация, выключение. Вам нужно именно выключение, а не гибернация.
Давайте пока что посмотрим, сколько у Вас оперативной памяти, и нужен ли Вам своп.
free -m