Вы уверены, что сама клавиша физически исправна?
Вообще, в Ubuntu на Win-клавишу многое завязано: вызов главного меню при кратком нажатии, вызов справки по клавиатурным сочетаниям по длительному нажатию, переключение раскладок по Win+пробел, плюс много комбинаций клавиш.
Какая у вас версия Ubuntu и в какой момент клавиша залипает?