Господа линуксоиды, начнем с того, что папки (Folders) - это в оффтопике. В нормальных системах каталоги (Directories). Вы тут еще начните про форматЦЕ говорить.
По теме. Средствами системы можно сделать "шифрованный раздел", при монтировании которого надо будет указать пароль. Вот на таком разделе ни файлов, ни каталогов видно не будет, будет просто видно, что есть раздел, а что там, хз. Естественно, как это сделать, я не скажу. Мне это как-то не надо было. Не занимался. Курите маны до простветления, или терзайте гуглю.
Ну и еще, как обычно, всё зависит от цели, которой добивается ТС, путей достижения же в линуксе множество.