По человечески наверное ни как, если установка с репозитория (deb) но можно после установки, залогинеться под пользователем, которому нужна программа, скопировать .desktop файл программы в его /home/user/.local/share/applications (из /usr/share/applications), ну и удалить десктоп файл в оригинальном пути. Должно работать так как вам надо, то есть программа в dash (меню программ) будет отображаться, только у этого одного пользователя. После удаления программы, не забудьте вручную удалить, то что вы скопировали в путь /home/user/.local/share/applications