У ntfs вроде нет параметра umask, как и у ntfs-3g.
Если я правильно понял ТС, то вообще все файлы помечены как исполняемые. И монтирование происходило путём добавления строк в fstab?
Мне тоже мазолил глаза зелёный цвет и лишние "x" в ls. Чтобы смонтировать "по-нормальному" нужно просто зайти в nautilus'е в этот диск, он его автоматом смонтирует, а потом просто из ps скопировать строку, в ней будут прописаны все параметры и просто вставить эту строчку в rc.local, тогда монтирование будет происходить от имени пользователя и не будет никакой зелени.