Могу ошибаться, но по-моему дело не в X-сервере, а в какой-то из программ, которые он запускает. Например, экранный менеджер.
Покажите
cat /var/log/Xorg.1.log | grep EE
Пользователь решил продолжить мысль 07 Марта 2016, 16:41:48:
И еще вопрос. У Вас два дисплея? Почему логи пишутся в Xorg.1.log, а не в Xorg.0.log?