Alexanevsky, предположу, что проблема в том, что саму тему Вы применяете к пользователю ~/.local/share/themes,
а вот например установщик, который требует повышенных прав, вполне может подцеплять тему из /usr/share/themes, а там есть только дэфолтные.
Попробуйте переместить тему в /usr/share/themes и применить её к исполнению уже оттуда либо руками, либо например через lxappearance, запустив её через gksu.
### UPD ###
Хомяк - от англ. <home>, домашная директория.