Скорее всего загрузка идет с загрузчика windows, который и слухом не слыхивал о ubuntu и ее загрузчике, если это так, то среди загрузочных устройств по приоритету ставьте диск с ubuntu, в самой ubuntu обновите конфигурационный фаил grub.
Результатом этих действий станет возможность выбора операционной системы для загрузки через загрузчик grub (grub2/grub-legacy).