Когда запускаю указанным вами способом - то работает как задумывалось. Пишу:
transmission-daemon -f --logfile /home/quant/transmission.log &
Висит в процессах от quant, настройки взял из домашнего каталога пользователя quant.
Если запускаю:
sudo service transmission-daemon start
То запускается как я описал в проблеме (по-умолчанию все берется). В логе всего две строчки:
[2016-03-14 11:19:01.193 SAMT] UDP Failed to set receive buffer: requested 4194304, got 425984 (tr-udp.c:78)
[2016-03-14 11:19:01.193 SAMT] UDP Failed to set send buffer: requested 1048576, got 425984 (tr-udp.c:89)
Видимо, при запуске с помощью service не берется пользователь, указанный в /etc/init/transmission-daemon.conf (как написано в вики). Что можно тогда сделать, не подскажете, чтобы запускать при загрузке компьютера этот демон от имени пользователя?