если папка .Trash скрыта, это еще не значит, что с ней нельзя работать. В гноме по нажатию ctrl+h отображаются скрытые объекты. Заходишь в корзину и чистишь. На рабочем столе есть апплет корзины, с помощью которого можно ее чистить. Если хочешь удалить без возврата, при нажатии delete удерживаешь shift. В настройках корзины можно указать, что удалять насовсем

. Наверно еще какие-нибудь способы есть
Ах да, забыл про mc, с ним удобнее с файлами работать, да и скрытые объекты он отображает сразу.