Погуглил по Инету и понял, что такая проблема есть у многих, кто перешёл на Ubuntu 15.10 и как раз в этом релизе перешли на новый метод автозагрузки и поэтому старый срабатывает с пометкой Compatibility. Но поскольку у меня всё же при загрузке сервера всё отрабатывает как мне надо (запускается suricata), то я решил в скрипте daily-update (убивает демон suricata, берёт новые правила из Интернета и запускает suricata, срабатывает в 0 часов) последнюю строку /etc/init.d/rc.local заменить на "suricata -D -c /etc/suricata/suricata.yaml -i eno1234567". Принудительно сейчас daily-update нормально отрабатывает, думаю, и в 0 часов по cron`у тоже всё отработает.