Видно установил (переустановил) криво, да центр приложений еще сыроват некоторые деб пакеты сторонних производителей может не установить но все штатные которые в нем прописаны устанавливает и удаляет без проблем.
По поводу Ubuntu Tweak, китайцы закрыли работу над этим проектом так что скорей всего репозитория под 16.04 не будет, привыкай к Senaptic, как тебе здесь посоветовали и к терминалу, в них тоже и установить, и удалить можно, а также систему почистить.