1 Создается обычно файлы в /usr/bin грубо говоря сама программа, в /usr/share грубо говоря доки и в ~/ конфиги для юзера...
2 Система знает какие пакеты ей нужны для того или иного пакета и автоматом требует их поставить...
3 В папке пользователя обычно вида ~/.имя_проги
4 Какие посчитаешь нужным...
5 Стандартные каталоги:
/ - Корневой каталог
/boot - Образ ядра
/boot/grub - загрузчик Grub
/bin - Стандартные программы
/home - Домашние каталоги пользователей
/usr - Программы
/sbin - Команды для системного администрирования
/var - Кэш Apt`а, логи, веб-сервер
/etc - Файл настройки системы
/dev - Файлы устройств
/tmp - Временные файлы
/mnt - Папка для монтирования
/media - Папка автомонтирования запоминающих устройств.
Ну где-то так...
6 Нереальные задачки ставишь барин