Проверьте, существует-ли файл /usr/share/applications/org.gnome.Nautilus.desktop. По умолчанию именно он показывается в лаунчере.
Если существует - перетащите его мышкой на панель лаунчера.
Если не существует - нужно его откуда-то взять или создать. Взять можно из образа ubuntu.
Создать - вот его содержимое.
[Desktop Entry]
Name=Files
Comment=Access and organize files
Keywords=folder;manager;explore;disk;filesystem;
Exec=nautilus --new-window %U
Icon=system-file-manager
Terminal=false
Type=Application
DBusActivatable=true
StartupNotify=true
Categories=GNOME;GTK;Utility;Core;FileManager;
MimeType=inode/directory;application/x-gnome-saved-search;
X-GNOME-Bugzilla-Bugzilla=GNOME
X-GNOME-Bugzilla-Product=nautilus
X-GNOME-Bugzilla-Component=general
X-GNOME-Bugzilla-Version=3.14.3
X-GNOME-UsesNotifications=true
Actions=Window;
X-Unity-IconBackgroundColor=#af4853
X-Ubuntu-Gettext-Domain=nautilus
OnlyShowIn=Unity;
[Desktop Action Window]
Name=Open a New Window
Exec=nautilus --new-window
OnlyShowIn=Unity;
Второй вариант. Установите dconf-editor. Запустите его, слева выберите
com > canonical > unity > launcher
Справа выберите favorites, внизу прочитайте описание этого параметра. На лаунчере находятся элементы, перечисленные в этом параметре.
Далее два пути. Восстановить значения по умолчанию, нажав кнопку "Set to Default" или редактировать этот параметр вручную.