Дмитрий Бо, wajnon, а зачем с флешки?
ТС сидит в рабочей оси ( судя по скрину), и корешок себя "безболезненно" ни урезать, ни передвинуть не позволит. 
Причём тут "рабочая ОС"?
Нельзя ничего изменить в смонтированной партиции, только и всего. В любом нормальном Линуксе (не в Ubuntu) есть учётная запись root и в любом нормальном менеджере окон легко дать допуск загрузки DE от него. Собственно, тут и DE и иксы ни при чём, parted, например, без этого прекрасно работает, но раз уж речь про GPartEd, то вот так.
Соответственно, хомяк не будет монтирован и делай с ним что хочешь.
В Ubuntu да, или всё это создать руками (что легко умеючи, но муторно), или действительно с внешне загруженной системы. А уж с флешки она будет, с LiveCD или с соседнего харда, значения не имеет никакого.