В остальном, курите iproute2.
AnrDaemon, Вам бы выспаться...
При чём здесь iproute2?
Интерфейс в сторону провайдера только один.
И в описании проблемы, судя по всему, упущено, что обновление не идёт не с самого сервера, а с железяки из локалки.
Соответсвенно, хотелось бы дополнительно увидеть диагностику "больной" системы
ip a; ip r
nslookup ya.ru
nslookup ya.ru 8.8.8.8
Ну и покуда в локалку проборошены порты, то и
sudo iptables-save с неё же.