Ну я могу без ковыряний дать несколько направлений:
a) проверить права доступа на папку в DocumentRoot (а вообще использовать симлинки не желательно при этом, лучше поменяйте сам DocumentRoot)
б) Даже не знаю, баг или фича - зависит от того, как прописать еще Location для сайта (с / в конце или без в конце пути)