Нашёл выход, спасибо сообществу, в том числе и
Simplehuman, за подсказку в разделе "Тестирование". Второй день пока тишина, если учесть что мне в день по 2-3 обновления приходило, то скорее всего метод работает, если что не так, отпишусь.
Итак, сам метод: в автозагрузке убираем галочку с "
Менеджер приложений Gnome" и всё - больше обновления в автоматическом режиме не должны тревожить

.