Раз со старым ядром запускается, значит не надо boot-repair.
Дело именно в ядре, а скорее всего в каких-то драйверах, которые не собираются под новое ядро.
Чаще всего такое случается, когда ставят видео драйвер, скачанный с сайта. Вы драйверы какие-то руками ставили?