Vitalius, удаление наутилуса тебе не поможет. Там есть какие-то проблемы при обновлении, нужно какие-то конфиги сносить.
Либо создавай нового пользователя и переноси данные в него, после чего старого удаляй.
Либо удаляй все конфиги из домашней папки - скрытые файлы и папки, кроме тех которые знаешь для чего тебе нужны, т.е. конфиги программ типа .mozilla .config/skype и т.п.