1. Дело не в размере иконок - у меня стояли 128х128, сейчас 256х256.
2. Дело не в "квадратности" - делал одну иконку 256х200.
3. Дело не в svg/png - одну иконку сделал линком на .png размером 128х152.
Все варианты показывают сразу после замены, даже не нужно перезагружаться, достаточно переключить клавиатуру.
Возможно дело в следующем.
В каталоге темы иконок есть файл index.theme. В нем перечислены все подкаталоги, в которых система будет искать значки и их параметры. Например, часть файла ../ubuntu-mono-dark/index.theme
...
[status/16]
Size=16
Context=Status
Type=Fixed
[status/22]
Size=22 # размер иконок в этом каталоге
Context=Status
Type=Fixed # признак что размер иконок фиксирован
...
Возможно здесь будут работать иконки только размером 22х22.
А вот часть кода моего index.theme.
...
[status]
Context=Status
Size=48
MinSize=8
MaxSize=512
Type=Scalable # тип иконок масштабируемые
...