Видимо это произошло после upgrade системы.
Задублировались файлы desktop в /usr/share/applications.
Имена самих файлов могут отличаться, а содержимое идентично.
Думаю два варианта, глазами посмотреть на файлы с похожими (или не похожими 8-) ) именами.
Попробуйте отсортировать по размеру.
Либо написать скрипт, который будет по содержимому показывать дубликаты.