Собственно в данном случае начинать лучше именно с проверки жесткого, причем сторонними средствами - MHDD, Victoria и т.д. А там уже смотреть по результатам. Если диск посыпался, то загрузиться с live той же ubuntu, слить все нужные данные, которые получится и выкинуть этот жесткий на помойку. А если окажется, что он нормальный, то тогда уже можно пробовать грузиться в винду.