Ubuntu я сохраняю, сжимая раздел с системой в squash-файл. Если перед сжатием немного модифицировать раздел - получиться "живая" система, которую можно запустить на любом компьютере.
Попробовал и Windows сохранять в squash. Возможно, в отношении Windows, это неправильно. Может какие-то метаданные из недр NTFS не сохраняются. Два раза мне этот метод помог. Windows была успешно восстановлена. Оба раза windows 7.