ffmpeg должен конвертировать только видео файлы в аудио mp3, если уже есть mp3,а они есть, ffmpeg трогать их не должен.
Для выбора подходящих вайлов использовал find . -name *.* -exec ffmpeg ..., но так захватит файлы которые конвертировать не нужно - mp3.
Можно подставлять по переменно в find *.mp4, *.mkv, avi, mpg ..., но это выглядит некрасиво: надо постоянно следить, конвертировались ли допустим avi чтобы снова запустить конвертацию.