В общем, решением проблемы (раз стандартные средства не помогают) по моему мнению будет способствовать лишь перемещение текущего хранилища в .backup и ручками выпиливать новое с добавлением каждого ключа по отдельности.
Думаю, что если вы просмотрите ключи, то наверняка найдёте дубликаты.
Звучит сложно, но на практике совсем не так:
sudo mv /etc/apt/trusted.gpg.d/ /etc/apt/trusted.gpg.d.backup
sudo mkdir /etc/apt/trusted.gpg.d
sudo chmod 755 /etc/apt/trusted.gpg.d
Затем, запускаете:
sudo apt-get update
И добавляете каждый ключ отдельной командой:
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys <key_number>
Впрочем, может есть и другое решение, более изящное, но я такого не знаю.