...без submenu вообще цвета не поменяешь?
Цвета, установленные в подменю - действуют только в этом подменю.
По-умолчанию создается submenu "Advanced options for Ubuntu". Зайдите в него. Цвет меню - как вы установили, а цвет выделенного пункта меню остался по-умолчанию. Что-бы изменить его цвет, нужно в этом подменю создать строку:
set menu_color_highlight=light-green/blue
С подменю, которые создаются автоматом я не стал заморачиваться. В подменю, которые создаю своим скриптом (например 40_flash) устанавливаю свои цвета.