natanik, так, что Ubuntu на внешнем, и во время её работы и наблюдается зависание - это я понял. А какой из двух дисков в это время под неадекватной, по вашему мнению, нагрузкой: внутренний или внешний? Если внутренний, то он монтируется автоматически или только после того, как вы по его значку нажмёте в боковой панели Nautilus? И подвисание наблюдается как раз после такого нажатия?
По возможности, держите на экране открытым Терминал с вышеуказанной командой. Вызовите контекстное меню на пустом месте заголовка окна Терминала и выберите в нём пункт "Всегда на верху" - окно Терминала не будет перекрываться другими окнами. После того как зависнет, сделайте снимок Терминала фотоаппаратом (смартфоном) и пришлите его сюда.