Я установил в виртуальную машину (virtualbox) саму Ubuntu 16.04.2, а затем и сам virt-manager. Просто установил, не для запуска виртуальных машин. Всё то, что говорит автор темы, подтвердилось. То есть после установки virt-manager действительно появляется пользователь Libvirt-Qemu. Скрыть этого пользователя, как советовал Heider, мне так же не удалось. Снимики виртуалбокса, мне позволили откатить систему до первоначального состояния, и проверить ситуацию с gnome-boxes. И если уж серьёзно, то меня в отличии от автор темы, интересует другой вопрос. Мне уже интересно не то, почему системный пользователь отображается там где не нужен, мне интересно, как вы, а это уже как минимум два человека, умудряетесь делать так, что бы он по умолчанию и сразу не отображался?. Может быть такое поведение свойственно DE Unity?
Как я понимаю, появление пользователя Libvirt-Qemu как то связанно с тем, что бы виртуальные машины могли работать под любым пользователем.
Пользователь добавил сообщение 01 Марта 2017, 20:30:22:
Я решил проверить ситуацию с Xubuntu 16.04.2, опять же всё так же в виртуальной машине, на свежеустановленной но обновлённой системе, и вот результат. rgsregwr - это имя основного пользователя системы.

rgsregwr@rgsregwr-VirtualBox:~$ cat /etc/passwd | grep libvirt-qemu
libvirt-qemu:x:64055:130:Libvirt Qemu,,,:/var/lib/libvirt:/bin/false
rgsregwr@rgsregwr-VirtualBox:~$ cat /etc/passwd | grep rgsregwr
rgsregwr:x:1000:1000:rgsregwr,,,:/home/rgsregwr:/bin/bash
alexxnight и
soarin в чём ваш секрет?