Это не файл, а ссылка (симлинк) на файл. Попробуй в команде вместо cert.pem указать путь к файлу:
../../archive/honeywithandrew.ru/cert1.pem
Попробовал, тоже ошибка.
Вообще, сами сертификаты летсэнкрипт положил в папку /etc/letsencrypt/live/, т.е. по хорошему в команде должен быть прописан этот путь, но доступиться в эту директорию не получается ни из терминала, ни наутилусом.
В папку /home я "перенес" содержимое командами
sudo cp -R /etc/letsencrypt/live/ /home/$USER/
sudo chown -R $USER:$USER /home/$USER/live/
не совсем понимая, что в итоге получу симлинки на оригинальные файлы