Не понимаю в чем проблема... На Ubuntu Server 16.04.02 установил apache2, php7.0, vsftpd
/var/www/site/
размещены файлы и папки виртуального хоста, при создание через FileZilla папки или файла на русском языке кодировка слетает и файл не возможно удалить или переименовать. Файл можно удалить только через ssh командой rm -r так же файл нормально отображается через команду ls.