Если используется PulseAudio, то это можно сделать через его /etc/pulse/default.pa.
Там последние две строки - set-default-sink И set-default-source. Вот в последней
вместо input надо написать то, что в выводе утилиты pactl является именем этого
микрофона, это в каком-нибудь Source.
Если без PulseAudio, то, наверное, через ~./asoundrc, но я не знаю, как там указать
желаемый микрофон, никогда этого не делал.