Всем спасибо за ответы. Да, у меня обычная ext4.
Я дефрагментацию не имел ввиду и понимаю, чем она отличается от форматирования, без обид.
Это просто гугл нашёл форматирование как возможность решения проблемы.
Я попробовал проверить дефрагментацию онлайн (т.е. при работающей системе) и мне выдало, что в дефрагментации система вроде никак не нуждается. По показателям 0,3%, в какой-то статье нашёл, что надо хотя бы 0,4%, чтобы был смысл проводить дефрагментацию.
Попутно я выяснил, что / не проверялся более 250 дней и кажется, что при старте система хочет это сделать, но передумывает.
Честно говоря, точно такая же проблема у меня уже была 6-7 лет назад на 10,04. Тогда система стояла 2 года или 1 год. И потом, после одного обновления (а может, и просто так) система начала очень долго загружаться. Что самое интересное - тогда она загружалась раза в два быстрее, чем у меня сейчас. Но я её тоже ставил без форматирования /.
Можно предположить, что с диском всё плохо, пару раз система отказывалась загрузиться, что точно писала не помню, но вроде disk failure. Перезагрузка помогала и больше такого не было.
А можно как-то узнать, в диске дело или в разделе? Например, проверить скорость чтения двух разделов? Если дело в разделе, то с помощью внешнего жёсткого не составляет труда поменять всё местами.