Программа запускается только под ROOTом

[llin]

Здравствуйте, прошу помощи, всю голову сломал уже.

Система ubuntu 16.04. Нужно установить программу для расчетов на удаленном сервере, FDS. Заливаю файл с программой .sh, выполняю с sudo, устанавливается, создает себе папку в home/user/. Далее, по мануалу, должна при команде fds выдавать свою версию, вместо этого выдает not found. Попробовал поставить под рутом, под рутом запускается. Пробовал ставить на гугловском облачном серваке (не знаю является ли там рутом стартовый пользователь), запускается, при той же системе. Из странного - создаваемая при установке папка имеет хозяина root:root. Присвоил её себе, тоже не помогло. Что дальше делать не знаю, даже в какую сторону гуглить.
ТС не появлялся на Форуме более полугода по состоянию на 14/07/2019 (последняя явка: 04/07/2017). Модератором раздела принято решение закрыть тему.
--zg_nico

[Azure]

Что за программа, куда и как устанавливали, где находятся исполняемые файлы, почему с sudo, … ?

[toZen]

Далее, по мануалу, должна при команде fds

• ссылку на мануал пожалуйста;
• FDS - File Dynamics Simulator;
• FDS - Fedora Directory Server
Таки, что ставите?

[llin]

FDS - fire dynamic simulator, описание установки https://github.com/firemodels/fds/wiki/Installing-and-Running-FDS-on-a-Linux-Cluster

Залил wget`ом в папку /home/user , использовал bash FDS_6.5.3-SMV_6.4.4_linux64.sh, начинается установка, установщик спрашивает куда ставить, сообщает что openmpi не поставится и надо ручками (ну это нормально вроде как), сообщает о окончании установки. Устанавливаю в предложенный по умолчанию путь /home/user/FDS/FDS6. С sudo просто пробовал, после того как при том же алгоритме запустилось по рутом, на юзере итог тот же что и без sudo.

[ReNzRv]

llin,
Покажи полный вывод от начала установки, до not found.

[llin]

Код: [Выделить]

calculus@ih532067:~$ ls
FDS_6.5.3-SMV_6.4.4_linux64.sh  final_v2.fds
calculus@ih532067:~$ bash FDS_6.5.3-SMV_6.4.4_linux64.sh

Installing 64 bit Linux FDS 6.5.3 and Smokeview 6.4.4

Options:
  1) Press <Enter> to begin installation
  2) Type "extract" to copy the installation files to FDS_6.5.3-SMV_6.4.4_linux64.tar.gz


FDS install options
  Press 1 to install in /home/calculus/FDS/FDS6 [default]
  Press 2 to install in /opt/FDS/FDS6
  Press 3 to install in /usr/local/bin/FDS/FDS6
  Enter a directory path to install elsewhere


OpenMPI options
FDS_6.5.3-SMV_6.4.4_linux64.sh: line 187: bc: command not found
  Press  to install OpenMPI manually [default]
     See /home/calculus/FDS/FDS6/bin/README.html for details


Installation directory: /home/calculus/FDS/FDS6
     OpenMPI directory: to be specified later
Do you wish to proceed with the installation? (yes/no) yes

Installation beginning
Creating directory /home/calculus/FDS/FDS6
The installation directory, /home/calculus/FDS/FDS6, has been created.
Creating directory /home/calculus/FDS/FDS6/Uninstall
The installation directory, /home/calculus/FDS/FDS6/Uninstall, has been created.

Copying FDS installation files to /home/calculus/FDS/FDS6
Copy complete.

Backing up /home/calculus/.bashrc_fds to /home/calculus/.bashrc_fds_20170526_115944
Updating .bashrc_fds

Backing up /home/calculus/.bashrc to /home/calculus/.bashrc_20170526_115944
Updating .bashrc

*** Log out and log back in so changes will take effect.

Installation complete.

Далее по инструкции нужно отключится и заново подключится по SSH. Под юзером далее вот это:

Код: [Выделить]

calculus@ih532067:~$ fds
-bash: fds: command not found
Если же сделать все тоже самое под рутом, то после переподключения будет

Код: [Выделить]

Fire Dynamics Simulator

 Current Date     : May 26, 2017  12:07:45
 Version          : FDS 6.5.3
 Revision         : FDS6.5.3-598-geb56ed1
 Revision Date    : Thu Jan 19 16:12:59 2017 -0500
 Compilation Date : Jan 22, 2017  18:04:30

 MPI Enabled; Number of MPI Processes:          1
 OpenMP Enabled; Number of OpenMP Threads:   4

 MPI version: 3.0
 MPI library version: Open MPI v1.8.4, package: Open MPI gforney@burn Distribution, ident: 1.8.4, repo rev: v1.8.3-330-g0344f04, Dec 19, 2014

 Consult FDS Users Guide Chapter, Running FDS, for further instructions.

 Hit Enter to Escape...


[Azure]

Под рутом покажите

Код: [Выделить]

which fds
echo $PATH

[llin]

Код: [Выделить]

root@ih532067:~# which fds
/root/FDS/FDS6/bin/fds
root@ih532067:~# echo $PATH
/root/FDS/FDS6/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games

[Azure]

Теперь то же самое от calculus
Хотя я уже догадываюсь в чем проблема.

/root/FDS/FDS6/bin

[llin]

Код: [Выделить]

calculus@ih532067:~$ which fds
calculus@ih532067:~$ echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games
calculus@ih532067:~$

Если вы о том, что FDS установлен в /root/FDS/FDS6/bin , то это произошло уже после того как под пользователем ничего не заработало несколько раз. Ну т.е. по хронологии, сначала несколько раз были проделаны манипуляции по установке под пользователем с реакцией not found, потом при том же алгоритме, но на гуглооблаке, все заработало. Потом было установлено из-под рута и тоже заработало. Я думаю тут что-то интереснее.
И да, вдовесок, момент, который мне не дает покоя - почему подсветка (цвета каталогов/архивов и т.д. при ls) тоже только под рутом показывается? ИМХО что-то не так с созданым пользователем, но вот что?

[Azure]

Не надо за меня угадывать Так от пользователя запускается?

Код: (bash) [Выделить]

~/FDS/FDS6/bin/fdsПокажите

Код: [Выделить]

grep -I 'PATH=' ~/.[!.]* 2>/dev/null

[llin]

Хммм.

Код: [Выделить]

calculus@ih532067:~$ ~/FDS/FDS6/bin/fds
/home/calculus/FDS/FDS6/bin/fds: error while loading shared libraries: libiomp5.so: cannot open shared object file: No such file or directory
На гуглооблаке и на руте тоже столкивался с этим, лечилось sudo ldconfig. Однако сейчас получил вот такой итог:

Код: [Выделить]

calculus@ih532067:~$ sudo ldconfig
calculus@ih532067:~$ sudo locate libiomp5.so
sudo: locate: command not found
По второй части вопроса:

Код: [Выделить]

calculus@ih532067:~$ grep -I 'PATH=' ~/.[!.]* 2>/dev/null
/home/calculus/.bash_history:export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib/
/home/calculus/.bashrc_fds:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_111250:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_111250:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_111250:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_111250:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_123306:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_123306:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_123306:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_123306:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_151346:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_151346:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_151346:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_151346:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_225449:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_225449:PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_225449:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170522_225449:  PATH=$MPIDIST/bin:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_000649:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_000649:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_000649:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_000649:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_001458:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_001458:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_001458:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_001458:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_001955:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_001955:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_001955:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_001955:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_004750:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_004750:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_004750:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_004750:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_015533:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_015533:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_015533:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_015533:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_020906:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_020906:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_020906:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_020906:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_094855:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_094855:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_094855:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170525_094855:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170526_115944:LD_LIBRARY_PATH=$FDSBINDIR/LIB64:$INTEL_SHARELIB:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170526_115944:  LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIST/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170526_115944:  PATH=$FDSBINDIR:$PATH
/home/calculus/.bashrc_fds_20170526_115944:  PATH=$MPIDIST/bin:$FDSBINDIR:$PATH
По поводу запускается под пользователем - на гуглооблаке да, на моем сервере - нет. При вроде одинаковом порядке действий и одинаковой версии системы.

[Azure]

FDS_6.5.3-SMV_6.4.4_linux64.sh: line 187: bc: command not found

из-за этого и

/home/calculus/FDS/FDS6/bin/fds: error while loading shared libraries: libiomp5.so: cannot open shared object file: No such file or directory

Я бы попробовал установить bc и переустановить fds.
Ну покажите что у Вас в

Код: [Выделить]

cat /home/calculus/.bashrc_fds

[ReNzRv]

sudo: locate: command not found

Код: [Выделить]

sudo apt install mlocate

[llin]

Сейчас к сожалению не могу ничего сделать, проверю все в понедельник. А по поводу locate - я напрягся, т.к. он тоже работает под рутом, установлен уже. А что такое "установить bc", откуда его взять?