Мне попадалось некоторое количество жалоб пользователей на то, что под убунтой кулеры работают неадекватно, чего они не замечали под виндой. Значит, это не всегда проблема BIOSa. Да и у себя в BIOSe я ничего не нашел, что могло бы быть связано с кулерами.
Исходя из того, что на 14.04, повторюсь, все работает как надо, я делаю вывод, что эта проблема возникла только в 16.04 (обе оси установлены на одном ноуте).