Что делать?
Скорее уже, чего НЕ делать. Не рваться "исправлять" то, что не сломано, в процессе ломая систему.
Вам же сказали, файл занят другим процессом.
Скорее всего, система была в процессе автоапдейта в это время. В процессе, который вы поломали.
Попробуйте
apt-get install -f
Но не ручаюсь за результаты.