Итак, проблема решена! Решение следующее: при переименовывании файла нельзя затирать расширение (в моем случае .doc), тогда документ по умолчанию будет предложено сохранить в ту папку в которой его создавали. А если расширение затереть, то в одном случае он предлагал сохранить в корень домашней папки, а в другом случае в /home/engineer1/.cache/kioexec/krun/.