что и как разметить?
Как поведет себя "Ubuntu будгие" не знаю. Если предположить, что так-же, как Ubuntu, я бы сделал следующее.
Первый диск не трогаем и постараемся сделать все, чтобы ничего на нем не испортить. Что-бы при плохом раскладе можно было загрузиться хотя-бы с него.
Второй диск. Не стал бы крошить его на разделы - любая веревка порезанная на куски будет слишком короткой.
По-умолчанию Ubuntu 17.04 ставиться в один раздел, файл подкачки создается в корневом разделе.
Во время установки выбрать ручной режим и указать устанавливать загрузчик на второй диск. Если система устанавливается в EFI-режиме, то ESP-раздел тоже создать на втором диске.
Исо-образ положил на первый диск. В меню груб прописал пункт для загрузки из исо-образа.
Загружаемся из образа, ставим.