Да выводит, с логированием справился. Просто logger выводил в syslog весь скрипт построчно, независимо от того какие facilias я задавал. Я прописал стандартный stdout в файл в конце скрипта но он ничего туда не выводил. Поэтому я вывел в stdout работу отдельных утилит в скрипте и все получилось, хотя logger я до конца не понял)