Очевидно, вы хотели установить tor-browser, а установили tor.
С другими программами то же самое. Например месседжер Wickr скачал .deb пакетом, открыл через Gdebi, вроде все успешно установилось, но найти в поиске не получается
В каком поиске вы ищете установленные программы?
Если в DE (Юнити, Гном, итп) то бывает программы появляются не сразу, иногда только после перелогина или перезагрузки.
Если в менеджере приложений, то там некоторые установленные пакеты не отображаются.
Ищите через dpkg. Самый надежный вариант.
Вывести список всех установленных программ:
dpkg -l
Можно отсортировать вашу конкретную программу:
dpkg -l | grep ProgramName
whereis, я вижу, вы уже знаете.