Тем не менее назревает вопрос, на сколько становится уязвим компьютер из-за Wine? Стоит ли его ставить и если есть то как можно закрыть все его дыры?
Если учесть, что программы, запущенные в wine, не изолированы как в виртуальной машине, а имеют доступ к файлам и взаимодействуют с ними, то теоретически они могут быть причиной бед в системе.
Главное, отключить запуск *.exe в wine по-умолчанию. Лично я делаю так.
В Nautilus это можно сделать, кликнув правой клавишей мыши по любому *.exe, выбрать свойства файла и во вкладке "Открыть с помощью" выбрать "Менеджер архивов"(File Roller), нажав кнопку "Установить по умолчанию".
Вручную тоже самое можно сделать из консоли:
Открываем любым редактором файл ассоциаций:
nano ~/.config/mimeapps.list
И добавляем следующую ассоциацию:
[Added Associations]
...
application/x-ms-dos-executable=org.gnome.FileRoller.desktop;
...
А линуксовому архиватору виндовые вирусы не страшны.

Ну и техника безопасности, виндовые программы скачивать только с официальных сайтов, и проверять он-лайн антивирусом. (
https://www.virustotal.com/#/home/upload )
Как-то так. by kmk 07.12.2017