Всё зависит от того, остались ли эти файлы от УСТАНОВКИ или от ИСПОЛЬЗОВАНИЯ программ.
Если первое, то apt purge или apt remove --purge.
Если второе - то только руками. Согласись, было бы странно, если бы после удаления скажем ОпенОфиса, у тебя самоудилились все документы, которые ты с его помощью создавал?…