После жёсткой перезагрузки LVM тома обычно деактивируются. Если оно показывает, что не активны. Их можно активировать lvchange -a y ... и оно может быть заработает.
Как именно было зашифровано на диске. Если это штатная фича при установке Ubuntu, если это в инсталляторе или после была применена галочка "зашифровать домашнюю папку", то шифрование к LVM отношения не имеет (всё должно появится, как только оживёт LVM).