Правильно копировать отдельные разделы, если так хочется именно копировать.
Создавать раздел нужного размера, потом переносить на него данные.
Тогда разметка будет идти по актуальному физическому диску, а данным пофиг, лишь бы раздел был не меньше исходного.
Ну и переустановить загрузчик, но это просто.