При установке ваш /home, использовать как /home, только не форматируйте его.
Все ваши данные данные останутся, программы установленные вами ранее нужно будет переустановить.
Профили большинства этих программ должны подхватится.
Проблемы какие нибудь могут быть, так как это минт и основан он на ubuntu 14.04 а вы будете ставить 16.04
А сколько у вас было ОЗУ до этого?