Чтобы каждый новый документ открывался в отдельном окне
В самом gedit: menu > File > New Window (Ctrl+N)
ПКМ на иконке gedit в лаунчере: Open a New Document.
Кроме того можно сделать desctop файлы для gEdit...
Как это сделать?
Копируем файл /usr/share/applications/gedit.desktop в ~/.local/share/applications
Открываем его гедитом. Две строки приводим к следующему виду:
Name=gedit new window
Exec=gedit --new-window %U
Сохраняем.
В наутилусе ПКМ на документе: properties > open with. В "Other Applications" выделяешь "gedit new window", внизу окна жмещь кнопку "Add". Закрываешь окно "Properties".
Теперь в наутилусе при ПКМ на документе будет два пункта: "gedit" и "gedit new window". Выбираешь какой тебе нужен.