com->canonical->indicator->messages - applications['thunderbird.desktop']
Чудо-чудо, всё получилось - по указанному адресу в квадратных скобках было пусто,
вписал 'thunderbird.desktop', перезагрузил и конвертик появился

И теперь даже догадываюсь о причинах исчезновения индикатора
- я отключил плагин в Thunderbird - "Messaging Menu and Unity Launcher integration",
считая его ненужным как плагин для Unity и почему то напрочь про это позабыл,
а он оказывается и в Gnome нужный...