oggesus, по симптомам похоже на то, что у Вас папки создаются вместе с установленными/используемыми snap-пакетами. Есть там такой грешок. Победить - никак, разве что не пользоваться snap-пакетами и удалить их все. Но можно обойти этот бардак путем скрытия этих папок в домашней директории. Создаём (если он существовал, - то он просто откроется) файл (вводим команду в терминале Ctrl+Alt+T):
gedit $HOME/.hidden
и дописываем (если пусто - то вписываем) в этот файл:
Documents
Pictures
Video
Смысл: вписать названия всех папок и файлов (каждое название - с новой строчки), которые не хотите видеть в домашней директории. Как впишете - сохраните файл, и можете проверять свою /home: левых папок видно не будет. Посмотреть скрытые файлы (напоминаю) можно по комбинации Ctrl+H в Nautilus. Перестает их отображать по нажатию той же комбинации.