Товарищ, а здесь не все так просто.
Перенести можно в другую папку только те утилиты, которые не имеют своей личной категории. К примеру если утилиты имеют ту же категорию, то производится копирование запуска в другую папку
Вообще содержание App-folders можно посмотреть в DCONF по ветке
/org/gnome/desktop/app-folders/folders/
-- и там в соответствующейй папке выяснить, которые приложения являются собственостью конкретной категории, а которые размещены там искусственно.